Alors que Mario fête l'ouverture de son nouveau parc d'attractions, parsemé de figurines à son effigie, le terrible Donkey Kong, toujours amateur de petits jouets mécaniques, s'empare de l'un d'eux, Pauline. Et cela a pour effet de sérieusement fâcher Mario, qui décide de se lancer à la poursuite de Donkey Kong. C'est à travers huit mondes, chacun composé de 9 niveaux, que votre aventure se déroulera.
Muni de votre stylet, votre but sera de guider vos mini figurines mécaniques vers la sortie à la façon d'un Lemmings. Et la tâche s'annonce ardue car ce volet voit sa difficulté se décupler par rapport à son prédécesseur. Ici, les figurines, une fois lancées, doivent franchir la porte de sortie quasiment simultanément, sous peine de devoir recommencer le stage. Et là où l'affaire se corse, c'est que non seulement le temps est limité mais maintenant, vos figurines, une fois en route, ne peuvent...