L'Ama juge que son cadre de fonctionnement, "approuvé par l'UCI sans consultation des autorités antidopage", ne lui permettra pas de mener à bien son travail de façon indépendante. Elle regrette que la commission n'offre pas l'immunité aux coureurs qui décident de passer aux aveux ou de témoigner. "Une approche qui ne permet pas aux individus de fournir des preuves sans avoir peur des répercussions ne servira qu'à perpétuer l'omerta sur laquelle ont buté toutes les enquêtes sur le cyclisme dans le passé", explique l'Agence mondiale dans son communiqué.
Un discours poussé encore plus loin par le président de l'Usada Travis Tygart, qui a mené à bien l'enquête ayant fait tomber Armstrong cet automne. Pour lui, "le refus de l'UCI d'offrir la possibilité pour une durée limitée aux coureurs de dire la vérité sans peur des conséquences force à s'interroger sur la volonté de l'UCI de voir se dérouler une enquête complète et approfondie et force à se demander si l'UCI n'a pas bandé les yeux et mis des menottes à la commission indépendante afin de s'assurer du résultat final."
Selon l'Ama et l'Usada, l'UCI aurait refusé de modifier le cadre de fonctionnement de la commission indépendante malgré leurs demandes récentes de mise en place d'un programme de type "vérité et réconciliation". L'Ama a aussi estimé "que l'objet de l'enquête est trop centré sur le cas de l'ancien cycliste Lance Armstrong - qui est maintenant clos - et que par conséquent la commission n'abordera pas l'aspect global d'un problème (le dopage) aussi étendu et implanté (dans le cyclisme)". Pour l'Agence mondiale, la date butoir de juin pour la remise d'un rapport par la commission est en outre trop courte et préjudiciable au bon déroulé de l'enquête.
Cette commission de trois membres est présidée par un ancien juge de cour d'appel en Grande-Bretagne, Sir Philip Otton, assisté de la multiple championne paralympique d'athlétisme britannique, la baronne Tanni Grey-Thomson, et de l'avocat australien Malcolm Holmes. L'UCI est soupçonnée d'avoir couvert Lance Armstrong au temps où il dominait le Tour de France.